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代持股引发的问题是非常多的，可以说除了公司业务问题外，代持股位居top1。小编对于代持股协议引发的纠纷频繁做了汇总，主要有以下几个原因：
首先，代持股这事就具有天然弊端。正常情况下，公司的股权结构和章程登记在案应该保持一致，即使存在特殊分红权、表决权等，也应登记在章程中。章程的登记具有较高的公信力，股东如需更改章程应遵循法定程序。然而，代持股往往不经过行政机关登记，因为实际持股人暂时不愿或不方便公开露面，这就失去了代持的意义。
而且，股权作为一个看不见摸不着的东西，不像车子、房子，车子随时能掌握在自己手里，丢了也可以第一时间发现，房子更不用说，搬都搬不走，但代持股的股权发生工商变更，你不一定能第一时间察觉。
代持股协议往往存在表述不准确的问题，由于代持股不属于常规的合同范畴，因此缺乏相应的法律基础，导致当事人难以透彻理解其中的要点。在编辑代持股协议时，当事人往往只是简单地寻找模板或根据自己的理解进行编辑，对常见的纠纷情况也不熟悉，因此难以在协议中避免潜在风险。
名义股东与实际股东之间的关系中，实际股东也就是背后的股东往往处于被动地位。这是因为商界注重效率和外观主义，即公司内部事是自己的“家事”与外界无关，交易相对人不需要去管，内部纠纷应自行解决，不牵连到外部。例如，在名义股东对外转让股权时，其他股东认可且不存在转让无效的情形，交易完成后，实际股东只能要求名义股东承担责任，而不能直接要求买家负责。
隐名股东显名化证据搜集困难，尤其是在没有代持股协议的情况下。名义股东出售、出质股权产生的纠纷较多，实际股东如果没有证据证明自己是实际享有股东权利的股东，仅称自己是真实股东，法院一般不予采信。毕竟人家可以跳出来说：“我怀疑你是为了逃避执行而临时签署的协议。”
正确的证据提交方式是真实股东提交自己签字并通过的股东会决议、能证明其他股东知悉其存在的材料等。如果前期没有留心收集证据，可能会在纠纷发生时非常被动。相比之下，名义股东在这方面更具优势，只需提供工商登记的股东信息即可证明自己的股东身份。
